Сектор заочного обучения был организован в 1992 году.
Первый выпуск состоялся в 1996 году.
В настоящее время студентами Сектора заочного обучения являются более 200 священно- и церковнослужителей из различных епархий.
Томская Духовная Семинария является высшим духовным учебным заведением, срок обучения составляет 6 лет (подготовительный курс + 5 курсов бакалавриата).
Студенты приезжают на сессии два раза в год для сдачи зачетов и экзаменов и прослушивания лекций преподавателей Семинарии.
В течение 5 лет необходимо освоить более 50 дисциплин и по окончании обучения сдать выпускной экзамен и защитить дипломную работу.
Выпускникам выдается диплом установленного образца.